Научные интересы В.П. Парначёва разнообразны. В начале своей деятельности (1962-1963) он изучал строение докембрийских вулканогенно-осадочных толщ Горного Алтая, затем (1963-1975) его интересы связаны с исследованием нижнедевонской быскарской серии Минусинских впадин, что послужило основой кандидатской диссертации: «Нижнедевонская трахилипарит-трахит-базальтовая ассоциация вулканогенных пород северо-западной части Восточного Саяна (бассейн р. Дербино)». Эта работа представляла собой первый опыт палеовулканических исследований не только в Томском университете, но и в Западной Сибири. Главный вывод диссертации заключается в признании сходства состава и условий формирования нижнедевонской вулканогенной серии и вулканитов Восточно-Африканской рифтовой зоны.

В 1974-1975 гг. по линии хоздоговорных работ изучал черносланцевые толщи Енисейского кряжа и их потенциальную золотоносность.

Плодотворной оказалась деятельность В.П. Парначёва в лаборатории вулканологии Ильменского заповедника Уральского научного центра АН СССР, где он занимался изучением докембрийского магматизма и осадконакопления Южного Урала. Здесь В.П. Парначёв значительно увеличил свой научный потенциал, благодаря творческому использованию лучших достижений и традиций Сибирской и Уральской геологических школ. За короткий срок была подготовлена и в 1988 г. защищена докторская диссертация на тему: «Магматизм и осадконакопление в позднедокембрийский  истории Южного Урала». В диссертации впервые обоснована континентальная рифтогенная природа вулканогенно-осадочных толщ стратотипического разреза рифея на Южном Урале, выявлены реликты рифейской коры океанического типа и установлена связь с ними хромитовых, медноколчеданных, фосфатных и железомарганцевых руд; впервые доказана существенная роль на Урале древней эвапоритовой седиментации.

В последнее десятилетие В.П. Парначёв занимается разработкой геодинамических моделей развития Алтае-Саянской складчатой области, обращая особое внимание на характеристику продуктов континентального рифтогенеза. Некоторые из этих (кембро-ордовик) рубежей выделены и охарактеризованы впервые. В рамках хоздоговорных работ решались проблемы изучения экологических и бальнеологических особенностей территории Республики Хакасия и, в частности, природного комплекса «Озеро Шира».