Кафедра динамической геологии была создана в 1938 году на базе кабинета физической геологии при кафедре палеонтологии и стратиграфии. Организатором и первым заведующим кафедры вплоть до 1962 г. был канд геол.–минерал. наук, доцент А.А. Ларищев. Благодаря его усилиям на новую кафедру были переданы имевшиеся в кабинете учебные коллекции пород и минералов, углей, макеты и таблицы, карты и схемы, научно–учебная литература, различные приборы, микроскопы и другое оборудование. А.А. Ларищевым впервые были разработаны и внесены в учебный процесс спецкурсы по изучению петрографии углей и спорово–пыльцевому анализу. В 1966 году А.А. Ларищев по материалам изучения углей Кузбасса защитил докторскую диссертацию. В этот период на кафедре динамической геологии преподавали и работали Л.И. Ржанникова, Н.Е. Мартьянов, М.И. Горбунов, В.С. Тутубалин, И.Г. Рутштейн, Л.Н. Ивановский, И.А. Вылцан, Н.И. Кузоватов, Г.В. Кривошеев, а также известные геологи–практики ЗСГУ Л.М. Шорохов и  Б.Ф. Сперанский. В 1953–54 гг. М.Г. Горбунов и И.А. Вылцан защитили кандидатские диссертации.

 С 1962 по 1973 годы деятельностью кафедры руководил доцент М.Г. Горбунов  — известный стратиграф–палеоботаник, внесший значительный вклад в изучение, расчленение и корреляцию кайнозойских отложений Западной Сибири. 

В этот период на кафедру были приглашены закончившие обучение в Томском университете молодые специалисты В.И. Стреляев, В.П. Парначёв, Н.А. Макаренко, В.А. Коньшин. 

Ассистент В.П. Парначёв с 1963 по 1969 год в составе Ивановской экспедиции Красноярского геологического управления участвовал в проведении геолого-съёмочных работ и создании геологических карт  масштаба 1:50 000 в междуречье Маны и Енисея. По результатам работ   В.П. Парначёвым была подготовлена и в 1974 году защищена кандидатская диссертация на тему «Нижнедевонская трахилипарит-трахит-базальтовая ассоциация  вулканических пород северо-западной части Восточного Саяна» (рук. М.П. Кортусов, защита 15.02.1974 г.  в диссовете ТГУ). В 1973-1974 г.г.  по хозяйственному договору с Красноярским геологическим управлением В.П. Парначёвым проводились исследования золотоносности позднедокембрийских черносланцевых формаций Енисейского кряжа в бассейнах рек Горбилок и Удерей (научн. рук. проф. И.А.Вылцан). 

В.И. Стреляевым были разработаны и читались специалистам очного и заочного обучения ГГФ  ряд дисциплин: «Общая геология», «Общая и историческая геология» (лекции, практические занятия), руководит дипломными работами. В 1967-69  гг. В.И. Стреляевым совместно с Ю.А. Забировым (Ангарская ГРЭ Красноярского ГУ) проводилась геологическая съемка Чадобецкого поднятия и составлена геологическая карта масштаба  поднятия в масштабе 1: 50 000. В 1970-71 гг. В.И. Стреляев проводил поисково–съемочные работы на стыке юго-западного обрамления Сибирской платформы и Енисейского кряжа. Весь собранный материал послужил основой для кандидатской  диссертации на тему «Стратиграфия, литология и условия формирования меловых и палеогеновых отложений юго-запада Сибирской платформы и Енисейского кряжа» (научный руководитель М.Г. Горбунов), которую он успешно защитил в феврале 1972г. В 1970 г. В.И. Стреляевым  (зав. каф. М.Г. Горбунов) для студентов- геологов и геоморфологов разрабатываются новые учебные планы и вводятся новые курсы  «Геологоразведочное дело, буровзрывные работы и техника безопасности», «Экономика и управление ГРР» и новая «Учебная горно-буровая практика», которая проходит на базе Томского геологоразведочного техникума. Параллельно с учебной практикой проводится дополнительное обучением студентов профессиям: взрывник, машинист буровой установки, оператор по добыче нефти и газа, помощник бурильщика эксплуатационного и разведочного бурения и др. с выдачей удостоверения государственного образца и талона Госгортехнадзора.  Дополнительное обучение по этим специальностям осуществляется и в настоящее время.

В июне 1969 года в ТГУ И.А. Вылцаном защищена докторская диссертация на тему «Осадочные формации центральной части Горного Алтая».

С 1973 по 1989 год кафедру возглавлял профессор И.А. Вылцан . Наиболее существенным достижением этого периода явилось объединение научной тематики всех сотрудников в одну укрупненную проблему «Геологические формации палеозоя Алтае–Саянской складчатой области и ее обрамления». Были приняты на работу канд. геол.–минерал. наук В.С. Чувакин (1981) и канд. физ.–мат. наук Л.Н. Попов (1985). Изучением внутренней структуры, вещественного состава, критериев расчленения и корреляции осадочных формаций с целью выяснения условий их образования и потенциальной рудоносности занимались профессор И.А. Вылцан, старший преподаватель А.Ф. Беженцев и старший инженер А.Д. Котельников. 

Доцент В.И. Стреляев с 1973 г. по 1990 г. (с перерывом) в составе Красноярского производственного геологического объединения в качестве ответственного исполнителя от Томского госуниверситета проводил государственную геологическую съемку масштаба 1:50000 на площади Артюгинской, Енисейской и Чадобецкой серии листов. Им лично выявлена Известковая зона золото-полиметаллического и карбонатитового оруденения. С 1983 г. по 1985 г. в качестве ответственного исполнителя группы «Дукат» от Томского государственного университета проводил исследования на месторождениях золота на Колыме (Дукатская и Эвенская золото–серебряные провинции). Все работы получили высокую оценку и внедрены производством в практику ведения  геологоразведочных работ. В это же время доцентом В.И. Стреляевым (научный руководитель профессор И.А. Вылцан)  создается временная междисциплинарная рабочая группа с целью выработки модели образования стратиформных месторождений складчатого обрамления Сибирской платформы, в которую входили доцент кафедры минералогии и кристаллографии Е.Н. Зыков, доцент кафедры петрографии Н.И. Кузоватов (ГГФ), а позднее д.ф.-м.н. профессор  Ю.И. Паскаль и к.ф.-м.н., с.н.с. С.С. Борисов (ФФ ТГУ).  В итоге были сформулированы  основные закономерности формирования расплавов на основе блоковой модели и дано объяснение  происхождению стратиформных месторождений на примере Енисейского кряжа, Дукатского и Эвенского  золото - серебряных провинций Колымы. Междисциплинарный  подход дал возможность опубликовать  34 научные работы, выступить с докладами на Международных и Российских конференциях (Москва, С-Петербург, Новосибирск, Иркутск, Томск и др.). Научные разработки были использованы в 15 учебно-методических работах, учебных пособиях по технике разведки месторождений полезных ископаемых (1999, 2005, 2012) , правовым основам экономики и организации геологоразведочных работ (1999, 2008) и пособиях смежных кафедр. 

Доцент Н.А. Макаренко продолжал исследования состава и петрогенезиса щелочных метамагматических пород Кузнецкого Алатау. 

Доцент В.С. Чувакин изучал петрологические аспекты эволюции магматических комплексов Кузнецкого Алатау и состав осадочных формаций юга Сибири. С 1980 по 90–е годы под редакцией И.А. Вылцана опубликованы сборники статей «Геологические формации Сибири и их рудоносность» (1981), учебное пособие И.А. Вылцана «Введение в учение о фациях и формациях» (1984). 

В 1983 году при кафедре была открыта учебная геолого- геофизическая лаборатория (заведующий В.Н. Захаренко, позднее — А.Д. Котельников, С.В. Парначёв, в настоящее время — Ф.Р. Сатаев ), обеспечивающая учебный процесс наглядными пособиями, методическими материалами, приборами, оборудованием, коллекциями пород и минералов, необходимыми для проведения лекционных, практических и лабораторных занятий, а также полевых учебных практик. Кроме учебной работы, сотрудники лаборатории выполняли научные исследования по хозяйственным договорам «Тамариск–Земля» (отв. исполнитель В.Н. Захаренко), «Россыпь» (отв. исполнитель Н.С. Новгородов), «Песчано–гравийные смеси Томского Приобья» (отв. исполнитель А.Ф. Беженцев). Результаты работ опубликованы в десятках статей, аннотированных в сборнике «Формационный анализ и геодинамика литосферы» (1996). В течение этого периода под руководством И.А. Вылцана в ТГУ защитили кандидатские диссертации А.И. Афонин (1968), А.Ф. Быч (1973), А.Ф. Беженцев (1977); под руководством М.П. Кортусова — В.П. Парначёв (1974) и Н.А. Макаренко (1985).

С апреля 1989 года по 2018 год заведующим кафедры являлся проф. В.П. Парначёв. В этот период на кафедру были приняты старший преподаватель В.Н. Устинова и профессор А.В. Мананков, создана научно–исследовательская лаборатория геодинамики и геофизики (с 1998 года — геодинамики и геоэкологии). Сотрудники кафедры и лаборатории активно участвуют в выполнении госбюджетных и хоздоговорных тем, грантов. В 1989–1991 годы выполнялся хоздоговор «Трасса» (отв. исполнитель В.Н. Захаренко), в 1996–1998 гг. — «Прогноз минерально–сырьевых ресурсов нефти и газа на юго–востоке Западно–Сибирской плиты в связи с рифтогенным структурообразованием» (отв. исполнитель В.Н. Устинова), в 1995–1996 гг. (под научным руководством В.П. Парначёва)- «Исследования бальнеологических свойств озер Беле, Тус, Шунет, Утичьи, Фыркал и Слабительные и разработка рекомендаций с целью перевода Ширинского района в категорию курортной зоны» (отв. исполнитель Н.А. Макаренко), «Исследование рапы минеральных озер и солончаков Республики Хакасия с целью оценки особенностей распределения редких щелочей, галогенных и сопутствующих элементов (литий, рубидий, цезий, бром, бор, фтор) (отв. исполнитель Н.А. Макаренко), «Геоэкологические особенности и бальнеологическая оценка озера Шунет (Ширинский район, Республика Хакасия) (отв. исполнитель Н.А. Макаренко), «Оценка состояния природных ресурсов и создание экологического атласа территории Республики Хакасия» (отв. исполнитель Н.А. Макаренко), «Создание карт геологического содержания для территории Томской области масштаба 1:500 000» (отв. исполнитель Д.Ю. Голованов), «Сравнительный анализ кор выветривания Енисейского кряжа и Кузнецкого Алатау» (отв. исполнитель В.И. Стреляев), «Определение тектонических и флюидодинамических особенностей формирования и разрушения залежей углеводородов в отложениях мезозоя Западно–Сибирской плиты (Томская область)" (отв. исполнитель В.Н. Устинова). Выполняются исследования по грантам ФПК «ИНТЕГРАЦИЯ» (отв. исполнитель В.П. Парначев), ИНТАС (отв. исполнитель В.П. Парначёв), Миноразования (отв. исполнители В.П. Парначёв, Н.А. Макаренко), ИСАР–Сибирь (отв. исполнитель В.Н. Устинова). В рамках программы «Университеты России» выполнялись гранты «Состав, строение и минерагения геологических формаций девона рифтогенных структур Южной Сибири (на примере Алтае–Саянской складчатой области)» (отв. исполнитель А.Ф. Беженцев), «Геодинамическая модель процессов формирования палеозойских геоформаций Алтае–Саянской складчатой области и ее обрамления» (отв. исполнитель А.Ф. Беженцев), «Разработка структуры и содержания образования по направлениям подготовки бакалавров геологии и географии» и «Разработка структуры и содержания подготовки магистров геологии в Томском госуниверситете». В рамках инициативных исследований проводились работы по темам «Формационный анализ осадочных и вулканогенно–осадочных комплексов стратисферы» (исполнитель И.А. Вылцан) и «История кафедры динамической геологии Томского государственного университета» (исполнитель И.А. Вылцан). При госбюджетном финансировании осуществляются исследования по теме «Разработка высокоэффективных методов исследования антропогенных и естественно–природных процессов и их влияния на состояние окружающей среды» (научный руководитель В.П. Парначёв).

В течение последних лет под руководством сотрудников кафедры были защищены следующие диссертации:

1. Тихоненко В.И. (кандидатская, 1990 г.). Научн. рук. проф. И.А. Вылцан,
2. Гутак Я.М. (докторская, 1998 г.). Консультант проф. В.П. Парначёв,
3. Туманцев В.В. (кандидатская, 1998 г.). Научн. рук. проф. В.П. Парначёв,
4. Парначев С.В. (кандидатская, 1998 г.). Научн. рук. проф. И.А. Вылцан,
5. Шитов А.В. (кандидатская, 1999 г.). Научн. рук. проф. В.П. Парначёв,
6. Перфилова О.Ю. (кандидатская, 1999 г.). Научн. рук. проф. В.П. Парначёв,
7. Голованов Ю.Д. (кандидатская, 1999 г.). Научн. рук. проф. В.П. Парначёв,
8. Ильина Г.Ф. (кандидатская, 2000 г.). Научн. рук. проф. И.А. Вылцан,
9. Махлаев М.Л. (кандидатская, 2001 г.). Научн. рук. проф. В.П. Парначёв,
10. Динкер А.Э. (кандидатская, 2001 г.). Научн. рук. проф. В.П. Парначёв,
11. Тюкавкина О.В. (кандидатская, 2003 г.). Научн. рук. проф. В.П. Парначёв,
12. Врублевский В.В. (докторская, 2003 г.). Научн. консультант проф. В.П. Парначёв,
13. Клопотова Н.Г (кандидатская, 2004 г.). Научн. рук. проф. В.П. Парначёв
14. Гладков Е.А. (кандидатская, 2007 г.). Научн. рук. проф. В.П. Парначёв,
15. Крупчатников В.И. (кандидатская, 200? г.). Научн. рук. проф. В.П. Парначёв,
16. Кудинов Е.В. (кандидатская, 2009 г.). Научн. рук. проф. В.П. Парначёв,
17. Архипов А.Л. (кандидатская, 2011 г.). Научн. рук. проф. В.П. Парначёв.

Кафедрой проведены следующие совещания и конференции:

1. Палеовулканизм Сибири (геодинамика, вулкано–тектонические структуры, металлогения). Томск, 28–30 мая 1991 г.
2. Континентальный рифтогенез Сибири. Томск, 18–19 декабря 1992 г.
3. Геодинамика Южной Сибири. Томск, 22–23 декабря 1994 г.
4. Палеогеография нивально–гляциальных систем Горного Алтая. Томск, 6–7 августа 1996 г.
5. Проблемы геодинамики и минерагении Южной Сибири. Томск, 23–24 декабря 1999 г.
6. Формационный анализ в геологических исследованиях. Томск, 5–6 апреля 2002 г.

Под руководством сотрудников кафедры развивается научная школа «Формационный анализ и геодинамика литосферы» (научные руководители профессора В.П. Парначёв, И.А. Вылцан), объединяющая научные исследования преподавателей и сотрудников кафедры и лаборатории геодинамики и геоэкологии, а также учеников, защитивших под руководством профессоров кафедры докторские и кандидатские диссертации (док. геол.–мин. наук Я.М. Гутак, кандидаты геол.–мин.наук А.Ф. Быч, А.И. Афонин, А.Ф. Беженцев, Н.А. Макаренко, А.И. Тихоненко, С.В. Парначёв, Г.Ф. Ильина, О.Ю. Перфилова, Д.Ю. Голованов и др.). В рамках этой школы развиваются следующие научные направления:

• Геодинамические реконструкции обстановок проявления магматизма и осадоконакопления в геологической истории Сибири и Урала (научн. рук. В.П. Парначев, исполнители Н.А. Макаренко, В.И. Стреляев, А.Ф. Беженцев, В.С. Чувакин);

• Формационный анализ осадочных и вулканогенно–осадочных комплексов стратосферы (научн. рук. И.В. Вылцан, исполнители А.Ф. Беженцев, В.И. Стреляев, Н.А. Макаренко);

• Роль рифтогенного структурообразования в размещении углеводородного сырья (научн. рук. В.П. Парначев, И.А. Вылцан, исполнители В.Н. Устинова, Е.Н. Жилина );

• Петрология и минерагения магматических, метаморфических и осадочных формаций Южной Сибири (научн. рук. В.П. Парначев, исполнители Н.А. Макаренко, В.С. Чувакин);

• Геоэкология Западной Сибири (научн. рук. В.П. Парначев, исполнители Н.А. Макаренко, проф. С.П. Кулижский, ассистенты А.Л. Архипов, Н.В. Архипова).