Научные коллекции размещаются в 6 помещениях университета:
палеоботанические и палеозоологические коллекции – в монографическом палеоботаническом отделе, экспозиционном зале Палеонтологического музея и лаборатории микропалеонтологии;
микропалеонтологические коллекции – в монографическом микрофаунистическом отделе, и в лаборатории микропалеонтологии;
остатки кайнозойских и мезозойских позвоночных – в двух специально оборудованных комнатах СПНЦ, в демонстрационном зале Палеонтологического музея, часть коллекций – на кафедре палеонтологии и исторической геологии.