Региональная геология и геотектоника. Это направление включает в себя изучение стратиграфии, тектоники, магматизма и метаморфизма Алтае–Саянской складчатой области, разрабатывается заведующим лабораторией А. Д. Котельниковым. Проведены структурно–тектонические исследования сложнодислоцированных образований Северо–Западного Салаира, Колывань–Томской складчатой зоны и Горловского прогиба. В настоящее время изучаются структуры восточного склона Кузнецкого Алатау. Проводится изучение вулкано–плутонических комплексов региона, а также связанных с ними полезных ископаемых. Работы выполняются на высоком уровне с применением новейших информационных технологий и геоинформационных систем с применением лабораторно-аналитических исследований, соответствующих современным мировым стандартам.  В выполнении работ участвуют сотрудники различных кафедр факультета.