Научно–исследовательская лаборатория геокарт была создана на геолого–географическом факультете в декабре 2000 года и является самостоятельным межкафедральным структурным подразделением. Лаборатория призвана обеспечивать качественное прохождение учебных, производственных и научно-исследовательских практик студентами факультета. Финансирование лаборатории осуществляется из внебюджетного фонда, бюджетное финансирование отсутствует. Работы выполняются в целях реализации подпрограммы "Минерально–сырьевые ресурсы" федеральной целевой программы "Экология и природные ресурсы России", утвержденной постановлением Правительства Российской Федерации.
      За время существования лаборатории завершены работы по государственному контракту с Министерством природных ресурсов РФ «ГДП – 200 листа О – 45 – XXXI (Междуречная площадь) (полигонный для Томского государственного университета)". Материалы защищены на Региональном экспертном совете в г. Новосибирске и на Научно-редакционном совете во ВСЕГЕИ в Санкт-Петербурге. Комплект геологических карт с объяснительной запиской подготовлены к изданию в апреле 2007 года и изданы в 2008 году. Проведены работы по объекту "ГДП – 200 листа N – 44 – XVIII (Черепановская площадь). Материалы рассмотрены Научно-техническим советом Департамента по недропользованию по Сибирскому федеральному округу и Сибирским региональным экспертным советом. Объяснительная записка и комплект Госгеолкарт приняты Научно-редакционным советом ВСЕГЕИ и рекомендованы к печати. В период с июня 2008 г. по  декабрь 2010 г. выполнены работы по объекту «ГДП-200 листа N-45-XXIV (Усинская площадь)», а с 2011 по 2012 годы выполнены работы по объекту «Составление и подготовка к изданию Госгеолкарты-200 листа N-45-XXIV (Усинская площадь)». С 2012 по 2014 годы проведены работы по объекту «ГДП-200 листа N-46-XIX (Уйбатская площадь)». С 2014 по 2016 годы осуществлена подготовка листа к изданию, проведены работы по объекту «Оценка геологической, геохимической и геофизической изученности и подготовка обоснования для проведения ГДП- 200 листа N-45-XXX (Балыксинская площадь).  В мае 2017 г. лист N-46-XIX (Усть-Бюрь) после внесения дополнений сдан в НРС Роснедра. С 2016 года и по настоящее время выполняются работы по объекту «Геолого-съемочные работы в пределах листа N-45-XXX (Таштыпская площадь).
      Лаборатория оснащена современной компьютерной техникой и другим оборудованием, имеет собственный автомобильный и речной транспорт, современные средства спутниковой связи и радиосвязи, современные приборы спутниковой навигации и всё необходимое снаряжение для проведения экспедиционных работ.
      В выполнении работ в качестве лаборантов и техников-геологов принимают участие студенты геолого-географического факультета. Наиболее перспективные студенты в экспедиционный период назначались начальниками отрядов и успешно справлялись с производственными обязанностями. В камеральный период они принимают активное участие в обработке геологической информации написании научных работ, статей и являются соавторами отчёта. Материалы, полученные в ходе полевых работ и камеральной обработки ложатся в основу бакалаврских и магистерских диссертаций. К настоящему времени количество студентов, прошедших учебные и производственные практики на базе лаборатории, приближается к 300. Кроме студентов в работе лаборатории принимают участие аспиранты. По материалам ГДП-200 А. Н. Филимоновым успешно защищена кандидатская диссертация.