Основным структурным подразделением ГГФ, как части образовательного учреждения (ТГУ), является кафедра.
Кроме кафедр (их девять), в составе факультета функционируют общефакультетские подразделения (деканат, ГИС–лаборатория, УМЦ «Геоинформ», НИЛ Геокарт).
Базы учебных практик: база учебных практик "Шира" (Республика Хакасия)
географическая станция "Актру" (Республика Алтай)
Межкафедральные (общефакультетские) подразделения:
Лаборатория геокарт (НИЛ геокарт),
Учебно-методический центр «Геоинформ»,
ЦКП «Аналитический центр геохимии природных систем»,
ЦКП «Актру»,
Лаборатория геолого-геофизического моделирования (ЛГГМ),
Сибирский палеонтологический научный центр